1997年7月19日公開、TVアニメの最終話では語られることのなかった、もう1つのエンディングを映像化。
最後の使徒を倒した。だが現実に対処できないシンジは固く心を閉ざしてしまう。そして約束の時が訪れる。ゼーレは自らの手による人類の補完を目指し、戦略自衛隊による攻撃をNERV（ネルフ）本部に仕掛けてきた。戦闘のプロに抗う術もなく血の海に倒れていく職員達。その絶望的状況下でミサトは、シンジは、アスカは、レイは、生き残ることができるのか？そして人類補完計画とは？人類の存亡をかけた最後の戦いが、今始まろうとしている。
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第25話 Air
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第26話 まごころを、君に
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