『おねがい☆ティーチャー』の続編。
主人公の神城麻郁は、プログラム開発と高校生活を両立させて、一人暮らしをしている高校一年生の少年。両親を知らず施設で育った彼は、自分の出生に関することを調べていた。
手がかりは、1枚の写真のみ。写っているのは、自宅らしき場所と、そこで遊ぶ自分らしき男の子と妹らしき女の子の2人だけ。しかし偶然にも、木崎湖のUFO騒動を取り上げたテレビ番組で、その自宅らしき場所を発見し、2年後にその家を借りて一人暮らしを開始したが、それ以降、何も手がかりはなかった。
そこに、彼と同じ瞳の色をした2人の女の子、宮藤深衣奈と小野寺樺恋が現れる。2人とも例の写真と同じ物を持っていて、自分が麻郁と双子だと名乗る。どちらが双子なのか判明しないまま、奇妙な共同生活を始める3人だが、やがて深衣奈と樺恋は、麻郁に恋心を抱く様になる。
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