全26話。
遥かな昔、謎の異星人「降臨者」が地球に残した3つの「ユニット」と呼ばれる物体。高校生の深町晶は偶然その一つを手に入れ、殖装体「ガイバー」となってしまい、降臨者の遺したデータを悪用し世界征服を目論む秘密結社「クロノス」に追われることとなる。
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番外編 強殖装甲ガイバー直前SP
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第1話 驚異の強殖装甲
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第2話 秘密結社クロノス
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第3話 監察官リスカー
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第4話 黄昏の来訪者
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第5話 第三の影
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第6話 死闘の果てに…
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第7話 奇跡の超細胞
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第8話 激震の摩天楼
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第9話 灰と追憶
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第10話 追撃への序曲（プレリュード）
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第11話 遺跡基地（レリックスポイント）
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第12話 それぞれの決意
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第13話 悲劇のエンザイムII
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第14話 雨の逃避行
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第15話 ギュオー出陣
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第16話 甦れガイバーI
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第17話 悪夢の包囲網
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第18話 遺跡鳴動（バイブレイション）
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第19話 突入前夜
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第20話 降臨者の船
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第21話 混乱の遺跡基地（レリックスポイント）
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第22話 崩壊のカウント・ダウン
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第23話 殲滅の光芒
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第24話 制圧下の街で
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第25話 胎動の蛹（さなぎ）
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第26話 降臨!! 巨人殖装（ギガンティック）
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