全50話（+特別版、FINAL PLUS）
前作『機動戦士ガンダムSEED』での終盤の舞台となった戦い、第二次ヤキン・ドゥーエ攻防戦から2年後の世界が舞台である。
C.E.（コズミック・イラ）71年6月15日。大西洋連邦とオーブ連合首長国によるオノゴロ島の攻防戦の中、シン・アスカはたった一発の砲弾で家族を失った。妹 マユが落とした携帯電話を握り締め、彼は自らの非力さに絶望する。
その後、地球連合軍とザフト軍による大戦は、第二次ヤキン・ドゥーエ宙域戦、ユニウス条約の締結を経て、一応の停止を見た。しかし、争いの火種は消えることはなかった。
それから2年後、C.E.73年10月2日。プラント最高評議会議長 ギルバート・デュランダルとの非公式会談の為、新造艦 ミネルバの進水式の準備が進むL4 アーモリーワンを訪れたカガリ・ユラ・アスハとアスラン・ザラ。だがその最中、ザフト軍が開発した新型MS（モビルスーツ） カオス、ガイア、アビスが何者かに強奪され、周囲は混乱に陥る。 これを阻止すべく、ミネルバからも新型機インパルスが出撃。そのパイロットは、プラントに渡りザフト軍に入隊したシン・アスカであった。
新型機を強奪した謎の部隊を追い、カガリとアスランを伴ったままミネルバは出撃する。だがそんな中、安定軌道にあったはずのユニウスセブンが地球に落下し始めたという報せが入る。それは、ナチュラルへの憎しみを募らせ続けるザフト軍脱走兵達の仕組んだものだった。しかし、この事件を利用しようと暗躍する者達も動き始め、世界は再び混乱と戦火に包まれるのだった。
Wikipedia・公式
第1話 怒れる瞳
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第2話 戦いを呼ぶもの
1/3 2/3 3/3
第3話 予兆の砲火
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第4話 星屑の戦場
1/3 2/3 3/3
第5話 癒えぬ傷痕
1/3 2/3 3/3
第6話 世界の終わる時
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第7話 混迷の大地
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第8話 ジャンクション
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第9話 驕れる牙
1/3 2/3 3/3
第10話 父の呪縛
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第11話 選びし道
1/3 2/3 3/3
第12話 血に染まる海
1/3 2/3 3/3
第13話 よみがえる翼
1/3 2/3 3/3
第14話 明日への出航
1/3 2/3 3/3
第15話 戦場への帰還
1/3 2/3 3/3
第16話 インド洋の死闘
1/3 2/3 3/3
第17話 戦士の条件
1/3 2/3 3/3
第18話 ローエングリンを討て!
1/3 2/3 3/3
第19話 見えない真実
1/3 2/3 3/3
第20話 PAST
1/3 2/3 3/3
第21話 さまよう眸
1/3 2/3 3/3
第22話 蒼天の剣
1/3 2/3 3/3
第23話 戦火の蔭
1/3 2/3 3/3
第24話 すれ違う視線
1/3 2/3 3/3
第25話 罪の在処
1/3 2/3 3/3
第26話 約束
1/3 2/3 3/3
第27話 届かぬ想い
1/3 2/3 3/3
第28話 残る命散る命
1/3 2/3 3/3
第29話 FATES
1/3 2/3 3/3
第30話 刹那の夢
1/3 2/3 3/3
第31話 明けない夜
1/3 2/3 3/3
第32話 ステラ
1/3 2/3 3/3
第33話 示される世界
1/3 2/3 3/3
第34話 悪夢
1/3 2/3 3/3
第35話 混沌の先に
1/3 2/3 3/3
第36話 アスラン脱走
1/3 2/3 3/3
第37話 雷鳴の闇
1/3 2/3 3/3
第38話 新しき旗
1/3 2/3 3/3
第39話 天空のキラ
1/3 2/3 3/3
第40話 黄金の意志
1/3 2/3 3/3
第41話 リフレイン
1/3 2/3 3/3
第42話 自由と正義と
1/3 2/3 3/3
第43話 反撃の声
1/3 2/3 3/3
第44話 二人のラクス
1/3 2/3 3/3
第45話 変革の序曲
1/3 2/3 3/3
第46話 真実の歌
1/3 2/3 3/3
第47話 ミーア
1/3 2/3 3/3
第48話 新世界へ
1/3 2/3 3/3
第49話 レイ
1/3 2/3 3/3
第50話 最後の力
1/3 2/3 3/3
FINAL PLUS 選ばれた未来 (特別版)
1/5 2/5 3/5 4/5 5/5
